Mario Fischer ist seit 2018 Generalsekretär der Gemeinschaft Evangelischer Kirchen in Europa (GEKE). Bereits seit 2015 war Fischer in der Geschäftsstelle der GEKE in Wien als Büroleiter und Verantwortlicher für das Reformationsjubiläum 2017 auf europäischer Ebene tätig, bevor der Rat der GEKE ihn zum ersten hauptamtlichen Generalsekretär der GEKE berief. Er folgte in diesem Amt seinem Vorgänger Bischof Michael Bünker.

Der 49-jährige Theologe stammt aus Darmstadt und studierte Theologie, Philosophie und Ökumenik in Mainz, Marburg, Rom und München. 2004 legte er das Erste Theologische Examen vor der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau ab und wurde 2012 mit einer Arbeit über die Bedeutung religiöser Erfahrung in der Phänomenologie des frühen Heidegger an der Hochschule für Philosophie S.J. in München promoviert. Sein Doktorvater war Gerd Haeffner SJ.

Mario Fischer ist ordinierter Pfarrer der Evangelischen Kirche in Hessen und Nassau (EKHN). Das zweijährige Vikariat absolvierte er 2008 und 2009 in Weilburg und Selters an der Lahn. Danach war er bereits ein Jahr lang Sondervikar in der Geschäftsstelle der GEKE in Wien. 2011 bis 2014 war Fischer Pfarrer in Steinheim am Main (EKHN) und Vakanzvertreter für verschiedene Kirchengemeinden im Evangelischen Dekanat Rodgau. Nach seinem Studium arbeitet Fischer zudem ehrenamtlich als Feuerwehrmann und Feuerwehrseelsorger.

Fischer ist verheiratet und hat zwei Söhne, die in Wien geboren wurden.

In seiner Zeit als Generalsekretär gelang es ihm die Kirchengemeinschaft trotz politischer Polarisierungen in Europa zu vertiefen. Mehrere lutherische Kirchen konnten in die Gemeinschaft aufgenommen werden und die Zusammenarbeit mit den Baptisten und Anglikanern wurde intensiviert. Die GEKE wurde als Körperschaft des öffentlichen Rechts in der Republik Österreich errichtet. Fischer ließ die GEKE als internationale NGO beim Europarat registrieren und baute die zwischenkirchliche Solidarität durch Hilfsprojekte aus. In den Vollversammlungen 2018 in Basel und 2024 in Hermannstadt/Sibiu legte Fischer den Mitgliedskirchen jeweils die strategischen Ziele der Kirchengemeinschaft für die kommenden Jahre vor. In seine Amtszeit fielen auch die Pandemie, in welcher die GEKE sich zu einem stärkeren kirchlichen Netzwerk zur Reflexion von Gegenwartsthemen auf europäischer Ebene entwickelte, und das 50-jährige Jubiläum der Leuenberger Konkordie, das europaweit genutzt wurde, um die Rolle der evangelischen Kirchen in Europa und das Modell der Kirchengemeinschaft zu diskutieren.

Bereits bei der Vollversammlung 2024 kündigte Fischer seinen Rückzug als Generalsekretär für 2026 an. Zum 1. Mai 2026 wird er seine neue Stelle als Leiter des Konfessionskundlichen Instituts in Bensheim antreten.